La prehistoria es una época dividida en varias etapas que abarca desde el Paleolítico hasta la Edad de los Metales. Los restos localizados en el subsuelo mediante excavaciones y las representaciones pictóricas que hay en los refugios naturales de piedra son las que permiten a los arqueólogos y sus colaboradores (geólogos, paleontólogos, antropólogos y palinólogos) investigar sobre el momento en que unos hechos tuvieron lugar, dándonos una idea de cómo pudieron acontecer.

Cerca de Sigüenza se han estudiado en diferentes campos de trabajo los restos encontrados, destacando los del Valle de Ambrona (Soria), cuyo material ha pasado a formar parte del Museo Numantino de la capital soriana. La proximidad de Ambrona considerada zona de paso de animales prehistóricos y la excelente situación geográfica de Sigüenza, que estratégicamente es propicia para controlar el paso por la cuenca alta del río Henares y los cercanos valles de los ríos Dulce y Salado, son dos razones de peso que fundamentan la presencia desde el paleolítico de cazadores nómadas y sus asentamientos en los alrededores de la actual Sigüenza.

Durante las guerras púnicas este factor estratégico le hace a Segontia, asentada en las laderas de Villavieja, más relevante jugando un papel importante en el conjunto de ciudades arévacas (1) asediadas por los romanos (de la que Numancia representa su mayor exponente). Tras un largo asedio los romanos destruían meticulosamente las ciudades asaltadas y en el caso de Segontia fue refundada en la ribera del rio Henares, resultando con el tiempo ser plaza elemental de la transitada via a Emerita-Augusta. Hasta nuestros días han llegado muestras y restos de los pobladores de algunas etapas prehistóricas, albergando el museo diocesano de Sigüenza una interesante y variada colección de piezas de diversos materiales prehistóricos (piedra, cerámica y metal).